Si un médico te ha ordenado reposo y no sabes qué hacer después, este artículo te explica exactamente cómo tramitar tu incapacidad médica en Colombia, qué documentos necesitas, quién te paga y cuánto dinero recibirás durante los días que no puedas trabajar, con la normativa vigente actualizada.
¿Qué es una incapacidad médica en Colombia?
Una incapacidad médica es la declaración formal emitida por un profesional de la salud que certifica que una persona no puede desempeñar su trabajo por razones de salud. En el marco del Sistema General de Seguridad Social en Salud (SGSSS), esta declaración genera dos efectos concretos: la protección de tu puesto de trabajo mientras duras incapacitado y el derecho a recibir un subsidio económico que reemplaza parcialmente tu salario.
Tipos de incapacidad médica: ¿cuál aplica a tu caso?
Antes de iniciar cualquier trámite, debes identificar el origen de tu incapacidad, porque de eso depende quién te atiende y quién te paga.
Enfermedad general (común)
Cualquier enfermedad o accidente que no tenga relación con tu trabajo. La gestiona tu EPS. Ejemplos: gripa grave, cirugía de vesícula, fractura en accidente de tránsito particular.
Accidente de trabajo o enfermedad laboral
Ocurrida durante la jornada laboral o por exposición al riesgo del trabajo. La gestiona la ARL. Ejemplos: caída en la planta, lumbalgia por esfuerzo repetitivo, síndrome del túnel del carpo.
Adicionalmente existen la licencia de maternidad y paternidad (con régimen propio) y la incapacidad permanente o pensión de invalidez (cuando la pérdida de capacidad laboral es definitiva y requiere calificación por la Junta Regional).
Requisitos para tramitar una incapacidad médica
Documentos que debe contener el certificado de incapacidad
El certificado que emite el médico es el documento central del trámite. Para que sea válido ante la EPS o ARL debe incluir obligatoriamente:
- Nombre completo, tipo y número de documento del trabajador.
- Tipo de contingencia: enfermedad general, accidente de trabajo, enfermedad profesional, etc.
- Diagnóstico expresado en código CIE-10.
- Fecha de expedición, fecha de inicio y fecha de finalización de la incapacidad.
- Número de días de incapacidad otorgados.
- Nombre, especialidad, número de registro médico (RETHUS) y firma del profesional que la emite.
- Nombre de la institución (IPS) que expidió la incapacidad, si hace parte de la red de la EPS.
Condiciones personales que debes cumplir
- Estar afiliado activo a una EPS o ARL (según el origen).
- Haber cotizado mínimo 4 semanas continuas (28 días) previas al mes en que inicia la incapacidad, en el caso de enfermedad general.
- Que la incapacidad sea emitida por un médico registrado en RETHUS (Registro Único Nacional del Talento Humano en Salud).
- Si la atención se recibió en una IPS por fuera de la red de tu EPS, debes radicarla dentro de los 15 días hábiles siguientes, adjuntando la epicrisis o resumen de historia clínica.
- Si la incapacidad fue expedida fuera de Colombia, debe estar apostillada y traducida al español, y radicarse en los 30 días siguientes a la atención.
Paso a paso: cómo solicitar la incapacidad médica ante la EPS
El proceso completo tiene seis etapas claramente diferenciadas. Conocerlas te evita perder tiempo y, sobre todo, perder el derecho al cobro.
El médico adscrito a tu EPS realiza la valoración clínica, revisa exámenes y, si lo determina necesario, expide el certificado de incapacidad con diagnóstico CIE-10, fechas y número de días.
El trabajador debe entregar el certificado original o una copia legible a su jefe o al área de recursos humanos. Solicita un acuse de recibo por escrito o vía correo electrónico.
Es el empleador quien tramita y cobra el reconocimiento ante la EPS (o la ARL si es de origen laboral). El empleador te paga a ti primero y luego recupera el dinero de la entidad. Si eres independiente, realizas este trámite tú mismo.
La EPS revisa que el certificado cumpla todos los requisitos, que el trabajador esté afiliado y al día en aportes, y que haya cumplido el mínimo de semanas cotizadas. Puede solicitar historia clínica adicional o realizar auditoría médica.
El empleador abona el subsidio en tu nómina. Los dos primeros días los asume la empresa; a partir del tercer día, la EPS reconoce el subsidio. En caso de incapacidad laboral, la ARL paga desde el primer día.
Si el médico considera necesario extender la incapacidad, emite una prórroga siguiendo el mismo proceso. Con la Resolución 1843 de 2025, si la incapacidad supera los 20 días continuos, al reincorporarte deberás realizarte un examen médico de retorno.
¿Cuánto te pagan durante la incapacidad médica?
El monto que recibes varía según el origen de la incapacidad y el número de días. La base de cálculo siempre es el Ingreso Base de Cotización (IBC), es decir, el salario sobre el que se pagaron los aportes a seguridad social. Un punto clave: el pago nunca puede ser inferior al salario mínimo diario, que para 2026 corresponde a $58.363 por día.
Porcentajes de pago por enfermedad general (origen común)
| Periodo | ¿Quién paga? | Porcentaje del salario |
|---|---|---|
| Días 1 y 2 | Empleador | 66,66% (sector privado) |
| Días 3 al 90 | EPS | 66,66% del IBC |
| Días 91 al 180 | EPS | 50% del IBC |
| Días 181 al 540 | Fondo de Pensiones | 50% del IBC |
| Días 541 en adelante | EPS / Fondo de Pensiones | Según evaluación médica |
Excepción importante: si tu salario es igual o inferior al salario mínimo legal mensual vigente (SMLMV), la Corte Constitucional (Sentencia T-543 de 2007) determinó que recibes el 100% del salario durante toda la incapacidad, porque el subsidio no puede ser inferior al mínimo.
Porcentajes de pago por accidente de trabajo o enfermedad laboral
| Periodo | ¿Quién paga? | Porcentaje del salario |
|---|---|---|
| Desde el día 1 hasta el día 180 | ARL | 100% del IBC |
| Prórroga hasta otros 180 días | ARL | 100% del IBC |
| A partir del día 361 | ARL / Fondo de Pensiones | Según calificación de invalidez |
Trámite para trabajadores independientes
Si trabajas por cuenta propia, el proceso tiene algunas diferencias frente al trabajador dependiente. Al no tener empleador que actúe como intermediario, eres tú quien gestiona directamente el cobro ante la EPS.
- Estar afiliado al régimen contributivo de salud como independiente.
- Tener aportes al día (mínimo 4 semanas continuas previas).
- No descontar de tu aporte los días de incapacidad: debes aportar el mes completo.
- Radica ante tu EPS la solicitud escrita de prestaciones económicas.
- Hazlo dentro de los 5 días hábiles siguientes a la expedición de la incapacidad.
- Adjunta certificado de incapacidad, documento de identidad y comprobantes de pago de aportes.
El monto que recibirás se calcula igual que para un trabajador dependiente: sobre el ingreso base de cotización que hayas declarado. Por eso es fundamental no subcotizar, ya que eso reduce directamente lo que recibirás durante la incapacidad.
Novedades normativas: Resolución 1843 de 2025
En 2025 el Ministerio de Trabajo expidió la Resolución 1843, que entró en vigencia el 6 de noviembre de 2025 y trajo cambios importantes en el manejo de incapacidades y evaluaciones médicas ocupacionales. Estos son los puntos clave que afectan directamente a trabajadores y empleadores:
Cuando la incapacidad supere los 20 días continuos, el trabajador debe realizarse un examen médico de retorno antes de reincorporarse al puesto de trabajo.
Si la ausencia —médica o no— supera los 90 días, el examen de reincorporación es siempre obligatorio, independientemente del motivo de la ausencia.
La resolución establece reglas específicas sobre tiempos de validación y documentación requerida para reducir vacíos operativos y agilizar el reconocimiento de incapacidades.
Se actualizan las condiciones bajo las cuales se realizan evaluaciones médicas ocupacionales, con mayor énfasis en el seguimiento y control del retorno laboral tras incapacidades prolongadas.
Causas frecuentes por las que la EPS niega la incapacidad
Conocer estos motivos te permite evitar errores que retrasan o anulan tu derecho al cobro:
- Periodo de cotización insuficiente: no haber aportado las 4 semanas mínimas previas al inicio de la incapacidad.
- Aportes no registrados en el mes en que comenzó la incapacidad; en ese caso debes adjuntar el comprobante de pago.
- Incapacidad expedida en IPS no adscrita a la red de tu EPS sin radicar dentro del plazo de 15 días hábiles.
- Certificado incompleto o sin código CIE-10, sin firma del médico o sin número de registro RETHUS.
- Radicación tardía por parte del empleador o del trabajador independiente.
- Mora del empleador en el pago de cotizaciones durante dos meses consecutivos (lo que puede suspender la afiliación).
¿Qué hacer si la EPS no paga o rechaza la incapacidad?
Si la EPS o ARL retrasa, niega o paga mal tu incapacidad, dispones de varios mecanismos de reclamación, de menor a mayor contundencia:
- Solicitud escrita a la EPS: pide por escrito el estado del trámite y la motivación de la negativa. La entidad está obligada a responder.
- Petición ante la Superintendencia de Salud: puedes interponer una queja o solicitud ante la Supersalud si la EPS no responde adecuadamente.
- Acción de tutela: es el mecanismo más rápido cuando la demora o negativa vulnera derechos fundamentales como la salud, la vida o el mínimo vital. Un juez puede ordenarle a la EPS que pague en 48 horas.
- Jurisdicción laboral: para controversias sobre el cálculo, el monto o la relación laboral (por ejemplo, despido mientras estás incapacitado).
Recuerda que si el empleador no te afilió al sistema de seguridad social, igual está obligado a pagarte la incapacidad con sus propios recursos, sin poder recuperar ese dinero de la EPS o la ARL.
Preguntas frecuentes sobre la incapacidad médica en Colombia
Recomendaciones clave para proteger tu derecho
- Guarda copias de todos los certificados de incapacidad, exámenes y comprobantes de aportes.
- Notifica siempre al empleador por escrito y conserva el acuse de recibo.
- Verifica que el médico incluya el código CIE-10 y esté registrado en RETHUS antes de salir de la consulta.
- Si trabajas de forma independiente, nunca subcotices: el subsidio se calcula sobre tu IBC declarado.
- Ante cualquier negativa de la EPS, solicita la explicación por escrito y conserva ese documento.
- Si tu empleador está en mora de cotizaciones y te niegan la incapacidad, el problema es de él, no tuyo: exige que te la pague de sus propios recursos.