Si un médico te ha diagnosticado una enfermedad o lesión y te ha indicado reposo, el siguiente paso es gestionar tu incapacidad médica ante la EPS para recibir el subsidio económico que reemplaza tu salario mientras no puedas trabajar. Este artículo te guía paso a paso: quién expide el certificado, cómo transcribirlo en la EPS, quién paga los primeros días y desde cuándo asume la entidad, con la normativa colombiana vigente.
La incapacidad médica es un derecho de todo afiliado al Sistema General de Seguridad Social en Salud (SGSSS) cuando una condición de salud le impide desempeñar su labor. Sin embargo, el trámite no siempre es claro: plazos, responsables del pago y requisitos pueden generar dudas. Aquí te explicamos cada aspecto para que puedas cobrar tu incapacidad sin contratiempos.
¿Qué es una incapacidad médica en Colombia?
Es la certificación formal que expide un profesional de la salud (médico tratante) cuando determina que, por razones clínicas, no puedes realizar tu trabajo durante un periodo determinado. La incapacidad tiene dos efectos principales: protege tu puesto de trabajo y te otorga el derecho a un subsidio económico que sustituye parcialmente tu salario. El origen de la incapacidad define quién la gestiona y quién la paga: la EPS (enfermedad común) o la ARL (accidente de trabajo o enfermedad laboral).
Tipos de incapacidad médica según su origen
Identificar el origen es el primer paso, ya que determina todo el proceso. Existen dos categorías principales:
- Enfermedad general o común: cualquier condición de salud no relacionada con el trabajo (gripa, cirugía programada, fractura en casa, etc.). La gestiona tu EPS y el pago inicia desde el tercer día, pues los dos primeros los asume el empleador.
- Accidente de trabajo o enfermedad laboral: ocurre por causa del trabajo o durante la jornada laboral (caída en la fábrica, lumbalgia por esfuerzo repetitivo, etc.). La gestiona la ARL, que paga el 100% del salario desde el primer día.
Además, existen situaciones especiales como la licencia de maternidad (para madres gestantes) y la incapacidad permanente o pensión de invalidez (cuando la pérdida de capacidad laboral es definitiva y calificada por la Junta Regional). Si tienes dudas sobre el origen laboral, consulta con tu ARL o EPS, ya que la calificación médica inicial puede variar.
Requisitos para tramitar la incapacidad médica
Documentos que debe contener el certificado de incapacidad
El certificado médico es el documento central del trámite. Para que sea válido ante la EPS o ARL, debe incluir:
- Nombre completo, tipo y número de documento del afiliado.
- Tipo de contingencia: enfermedad general, accidente de trabajo o enfermedad profesional.
- Diagnóstico con código CIE-10.
- Fecha de expedición, inicio y finalización de la incapacidad.
- Número de días otorgados.
- Nombre del profesional, especialidad, número de registro RETHUS y firma.
- Nombre de la IPS que emite el certificado (si pertenece a la red de la EPS).
Condiciones que debes cumplir como afiliado
- Estar afiliado activo a una EPS (o ARL, según el origen).
- Haber cotizado al menos 4 semanas continuas (28 días) antes del mes en que inicia la incapacidad, para enfermedad general.
- Que el médico esté registrado en RETHUS (Registro Único Nacional del Talento Humano en Salud).
- Si te atendieron en una IPS fuera de la red de tu EPS, debes radicar la incapacidad dentro de los 15 días hábiles siguientes, adjuntando la epicrisis o resumen de historia clínica.
- Si la incapacidad se expidió en el exterior, debe estar apostillada, traducida al español y radicada en un plazo de 30 días después de la atención.
Paso a paso para cobrar la incapacidad ante la EPS
El proceso completo tiene cinco etapas. Conocerlas te ayuda a evitar errores que retrasan el pago.
- Consulta médica con tu EPS: el médico adscrito te evalúa y, si es necesario, expide el certificado de incapacidad con todos los datos requeridos. Asegúrate de que incluya el código CIE-10 y el número RETHUS antes de retirarte.
- Entrega copia al empleador: debes darle el certificado a tu jefe o al área de recursos humanos. Pide un acuse de recibo por escrito o correo electrónico; esto te servirá como prueba si hay demoras.
- El empleador radica la incapacidad ante la EPS: es el empleador quien tramita el cobro. Él te paga a ti primero y luego recupera el dinero de la EPS. Si el empleador no radica la incapacidad en los plazos establecidos, tú puedes radicarla directamente presentando una copia del certificado y la constancia de entrega. Si eres independiente, haces este trámite directamente.
- La EPS verifica y aprueba: revisa que cumplas los requisitos (afiliación, semanas cotizadas, documento completo). Puede solicitar historia clínica adicional. Si todo está en orden, aprueba el subsidio.
- Recibes el pago: el empleador te abona el subsidio en tu nómina. Los primeros dos días los paga la empresa; del tercer día en adelante, la EPS. En incapacidad laboral, la ARL paga desde el día 1. Revisa tu liquidación mensual para confirmar que el monto corresponda al porcentaje indicado.
¿Cuánto te pagan durante la incapacidad médica?
El monto se calcula sobre tu Ingreso Base de Cotización (IBC), es decir, el salario con el que cotizas a seguridad social. Mientras mayor sea tu IBC, mayor será el subsidio. El pago nunca puede ser inferior al salario mínimo diario. A continuación, las tablas según el origen y la duración.
Enfermedad general (origen común)
| Periodo | ¿Quién paga? | Porcentaje del IBC |
|---|---|---|
| Días 1 y 2 | Empleador | 66,66% (sector privado) |
| Días 3 al 90 | EPS | 66,66% |
| Días 91 al 180 | EPS | 50% |
| Días 181 al 540 | Fondo de Pensiones | 50% |
| Días 541 en adelante | EPS / Fondo de Pensiones | Según evaluación |
Importante: si tu salario es igual o inferior al salario mínimo legal mensual vigente (SMLMV), la Corte Constitucional (Sentencia T-543 de 2007) determinó que recibes el 100% durante toda la incapacidad, pues el subsidio no puede ser menor al mínimo.
Accidente de trabajo o enfermedad laboral
| Periodo | ¿Quién paga? | Porcentaje del IBC |
|---|---|---|
| Desde el día 1 hasta el día 180 | ARL | 100% |
| Prórroga hasta otros 180 días | ARL | 100% |
| A partir del día 361 | ARL / Fondo de Pensiones | Según calificación |
Trámite para trabajadores independientes
Si trabajas por cuenta propia, el proceso varía porque no tienes empleador que actúe de intermediario. Eres tú quien debe gestionar el cobro directamente ante la EPS. Los requisitos son los mismos: estar afiliado al régimen contributivo, tener aportes al día (mínimo 4 semanas antes) y no descontar los días de incapacidad de tu aporte mensual (debes cotizar el mes completo).
Debes radicar ante tu EPS una solicitud escrita de prestaciones económicas dentro de los 5 días hábiles siguientes a la expedición de la incapacidad. Adjunta el certificado, tu documento de identidad y los comprobantes de pago de aportes. El monto que recibirás se calcula sobre tu IBC declarado, por lo que es clave no subcotizar. Para más detalles sobre cómo hacer tus aportes correctamente, revisa nuestra guía sobre el aporte de independientes.
Prórrogas de incapacidad: ¿cómo funcionan?
Si el médico considera que necesitas más tiempo de reposo, puede emitir una prórroga de incapacidad. El proceso es el mismo que para la incapacidad inicial: debes acudir a una consulta de control, obtener el nuevo certificado y entregarlo a tu empleador (o radicarlo si eres independiente). No hay un límite legal en el número de prórrogas, pero cada una debe estar justificada clínicamente. Si la incapacidad total supera los 20 días continuos, la Resolución 1843 de 2025 exige un examen médico de retorno antes de reincorporarte. Si supera los 90 días, el examen de reincorporación es obligatorio sin importar el motivo de la ausencia.
Origen laboral: incapacidad por accidente de trabajo o enfermedad profesional
Si tu incapacidad se originó en un accidente laboral o por exposición a riesgos del trabajo, la entidad responsable es la ARL, no la EPS. Debes reportar el accidente a tu empleador inmediatamente, quien debe realizar el reporte ante la ARL dentro de los dos días hábiles siguientes. El médico de la ARL o de la IPS habilitada emitirá la incapacidad. El pago es del 100% del IBC desde el primer día. Si la ARL niega el origen laboral, puedes solicitar una calificación ante la Junta Regional de Calificación de Invalidez. Esta web es independiente; para información detallada sobre los plazos de pago de la ARL, consulta la página del Ministerio de Trabajo.
Novedades normativas: Resolución 1843 de 2025
El Ministerio de Trabajo expidió la Resolución 1843, vigente desde el 6 de noviembre de 2025, que introduce cambios importantes en el manejo de incapacidades y evaluaciones médicas ocupacionales:
- Examen post-incapacidad obligatorio: si la incapacidad supera los 20 días continuos, debes realizarte un examen médico de retorno antes de volver al trabajo.
- Examen obligatorio tras ausencia de 90 días: si la ausencia (médica o no) supera los 90 días, el examen de reincorporación es siempre obligatorio.
- Validación y pago más eficientes: se establecen reglas claras sobre tiempos de validación y documentación para agilizar el reconocimiento.
- Marco actualizado de salud ocupacional: se refuerza el seguimiento y control del retorno laboral tras incapacidades prolongadas.
Motivos frecuentes por los que la EPS niega la incapacidad
- No haber cotizado las 4 semanas mínimas previas al inicio de la incapacidad.
- Aportes del mes en curso no registrados; debes adjuntar el comprobante de pago.
- Incapacidad expedida en una IPS fuera de la red de tu EPS sin radicar dentro de los 15 días hábiles.
- Certificado incompleto: sin código CIE-10, sin firma o sin número RETHUS.
- Radicación tardía por parte del empleador o del trabajador independiente.
- Mora del empleador en el pago de cotizaciones durante dos meses consecutivos (puede suspender la afiliación).
¿Qué hacer si la EPS no paga o rechaza la incapacidad?
Si la EPS o ARL retrasa, niega o paga incorrectamente tu incapacidad, tienes estos recursos:
- Solicitud escrita a la EPS: pide por escrito el estado del trámite y la razón de la negativa. Deben responderte.
- Queja ante la Superintendencia de Salud: si la EPS no responde o su respuesta es insatisfactoria, presenta una queja ante la Supersalud.
- Acción de tutela: es el mecanismo más rápido cuando la demora o negativa vulnera derechos fundamentales (salud, mínimo vital). Un juez puede ordenar el pago en 48 horas.
- Jurisdicción laboral: para disputas sobre el cálculo, el monto o despidos durante la incapacidad.
Si el empleador no te afilió al sistema de seguridad social, igual está obligado a pagarte la incapacidad con sus propios recursos, sin posibilidad de recuperar ese dinero de la EPS o la ARL. Asegúrate de tener a la mano tu certificado de afiliación a la EPS para verificar tu estado y semanas cotizadas.
Preguntas frecuentes sobre la incapacidad médica en Colombia
1. ¿Me pueden despedir mientras estoy incapacitado?
No. La incapacidad no suspende el contrato de trabajo. Sigues siendo empleado activo y acumulas derechos a prestaciones sociales. Un despido durante la incapacidad puede ser declarado ineficaz.
2. ¿Se descuenta la incapacidad de mi salario?
Sí, en el sentido de que por los días incapacitado recibes el subsidio (66,66% o 100% si ganas el mínimo), no el salario completo. En tu nómina verás separados los días trabajados y los días de subsidio.
3. ¿Cuántos días seguidos puede dar un médico de incapacidad?
No hay un límite legal. El médico otorga los días que considere necesarios. Si la condición persiste, puede emitir prórrogas. En la práctica, muchas EPS tienen topes por consulta que se renuevan con controles.
4. ¿Qué pasa si la incapacidad supera los 180 días?
A partir del día 181, el pago lo asume el Fondo de Pensiones. Este evaluará si hay posibilidad de rehabilitación o si se debe iniciar el proceso de pensión de invalidez ante la Junta Regional de Calificación.
5. ¿Cuánto tiempo tiene la EPS para pagar la incapacidad?
La normativa establece que el empleador debe recibir el reembolso dentro de los 5 días hábiles siguientes a la radicación completa de los documentos. Si hay demoras, puedes reclamar ante la Supersalud.
6. ¿Un trabajador independiente tiene derecho a incapacidad?
Sí, siempre que esté afiliado al régimen contributivo, tenga aportes al día y mínimo 4 semanas de cotización previas. El trámite lo hace directamente ante la EPS.
Recomendaciones clave para proteger tu derecho
- Guarda copias de todos los certificados de incapacidad, exámenes y comprobantes de pago de aportes.
- Notifica siempre al empleador por escrito y conserva el acuse de recibo.
- Verifica que el médico incluya el código CIE-10 y su registro RETHUS antes de salir de la consulta.
- Si eres independiente, no subcotices: el subsidio se calcula sobre tu IBC declarado.
- Ante cualquier negativa de la EPS, solicita la explicación por escrito y consérvala.
- Si tu empleador está en mora de cotizaciones y te niegan la incapacidad, exígele que te la pague con sus propios recursos.
Fecha de revisión: 22 de octubre de 2026. Esta página es independiente y no representa a ninguna EPS, ARL, ADRES ni entidad gubernamental. Para información actualizada, consulta la web del Ministerio de Salud, Supersalud o ADRES.